计算机控制系统的主要功能是：监控电子辐照加速器的正常运行，实施安全连锁，并与束下装置联动配合。
PLC 采用德国西门子系列，高可靠性工业级计算机触摸屏控制、显示。
（1）加速器启动运行前的安全保护连锁有：
a、符合国家安全标准，满足环境评价所需要求的全部连锁信号。具体包括：加速器启动与工作时，有警灯、警铃提示信号；门信号与高压连锁（包括迷宫光电，主厅防护门、辐照厅防护门及高频柜门的关闭连锁）；主厅、辐照厅内均设有高压紧停按钮；剂量检测报警系统；
b、冷却系统风、水工作正常连锁；
c、振荡器电源与水冷却连锁（包括水流量、水压及水温保护连锁）；
d、钢筒温度、高频机柜温度和振荡管冷却水温度保护连锁；
e、扫描窗冷却风机、排臭氧风机与高压连锁保护；
f、扫描电流与高压连锁保护（扫描电流可根据能量变化自动调节也可手动）；
g、真空度好于5×10-3Pa连锁保护，分子泵与水冷却有连锁保护，机械泵、分子泵、溅射离子泵在界面上有运行显示及停机警示；
h、加速器启动加高压准备延时3分钟（可调，强烈建议3分钟）。
（2）加速器在运行过程中连锁保护：
a、钢筒超温、振荡管超温、高频机柜超温、可控柜超温、主变压器超温等都会自动切断高压；
b、高频机内部出现线路过流和阳极过流，加速器出现过电压等高频过载时自动封闭高频。
（3）在加速器进入额定工作状态、束下装置运转正常之后，系统可以进入闭环运行以自动稳定加速器的设定参数，并与束下系统的运行联动。例如当样品的移动速度发生变化时，变化信息会立即输入加速器控制系统，实时调整电子枪的加热电流，使加速器的输出束流与束下样品的传输速度变化同步，确保样品的辐照剂量均匀。当束下暂停或换卷时，束流自动降低或置零等等。
（4）加速器运行时在控制屏上显示的主要参数有：能量，流强，加速管分压电流，高频振荡参数（电子管屏极电压和屏极电流），扫描磁铁电流，聚焦线圈电流，导向线圈电流等。当发生故障时，控制屏上将立刻显示故障状态和发生故障的部位。
（5）此控制系统还具有主要参数的显示、存储和打印功能。厂家还可以根据客户要求把加速器控制和束下控制整合在一起，并同时具有工艺参数设定、存储、打印，配方制定、存储等功能。
